Для выполнения работ в области инженерных изысканий, подготовки проектной документации, а также строительства, реконструкции и капитального ремонта компания НЭПТ стала членом саморегулируемых организаций и получила допуск к работам, оказывающим влияние на безопасность объектов капитального строительства, включая особо опасные и технически сложные объекты и объекты использования атомной энергии.
Для работ на предприятиях Росатома компанией получено более двадцати лицензий Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору, включая лицензии на сооружение, эксплуатацию, вывод из эксплуатации, проектирование и конструирование объектов, конструирование и изготовление оборудования.
Для осуществления деятельности по технической защите информации и по разработке и производству средств защиты конфиденциальной информации компания обладает лицензией на осуществление мероприятий и (или) оказание услуг в области защиты государственной тайны, лицензией на деятельность по разработке и производству средств защиты конфиденциальной информации и лицензией на деятельность по технической защите конфиденциальной информации.
Компания имеет лицензию Федеральной службы безопасности на осуществление работ, связанных с использованием сведений, составляющих государственную тайну.
Для работ по монтажу, ремонту и обслуживанию средств обеспечения пожарной безопасности компания обладает лицензией Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
Компания имеет сертификаты соответствия системы менеджмента качества ISO 9001, системы экологического менеджмента ISO 14001, системы менеджмента безопасности труда и охраны здоровья OHSAS 18001.